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병원양도양수 [3편] 권리금에 대한 세금은 어떻게 처리해야할까?

  • 작성일 2026-02-26 11:18:27
  • 조회 10
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  • 세무법인나은 박형렬세무사


 

권리금 협상도 마무리했고, 계약서도 잘 작성했습니다. 그렇다면 이제 모든 절차가 끝난 걸까요? 아쉽지만 아직 아닙니다. 마지막 관문인 ‘세금’이 남아 있습니다. “권리금이 3억 원이니 그냥 3억 원을 이체하면 끝 아닌가요?” 이렇게 생각하고 진행했다가, 사후에 세금 문제로 다툼이 발생하는 사례를 현장에서 자주 접합니다.


병원을 양도·양수하는 과정에서 양도인(파는 분)과 양수인(사는 분)이 반드시 알고 있어야 할 핵심 세무 쟁점을 정리해보겠습니다 .



1. 병원 권리금의 소득세 과세 구조 (기타소득 및 원천징수)


예외적인 경우를 제외하면, 병원을 양도하면서 지급받는 권리금(영업권)은 「소득세법」 제21조 제1항 제7호에 따라 기타소득으로 분류됩니다 . 이 경우 해당 권리금은 기타소득금액을 기준으로 원천징수 대상이 됩니다.


「소득세법」 제21조(기타소득)

① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

7.광업권·어업권·양식업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품


• 양수인(인수하는 원장님)의 의무 : 권리금 전액을 그대로 양도인에게 지급하면 안 됩니다. 총 권리금의 8.8%에 해당하는 기타소득 원천징수세액을 공제한 후 지급하고, 공제한 세액은 지급일이 속한 달의 다음 달 10일까지 국세청에 납부해야 합니다.


• 왜 8.8%일까요?

「소득세법 시행령」 제87조에 따르면 권리금의 60%를 필요경비로 인정해 주기 때문에, 나머지 40%에 대해서만 22%의 세율이 적용됩니다. (40% × 22% = 8.8%)


• 예시: 권리금이 1억 원이라면?

: 880만 원(세금)을 뺀 9,120만 원만 지급하고, 880만 원은 국세청에 원천납부합니다.


• 양도인(파는 원장님)의 주의사항 : 원천징수로 납부된 세금으로 과세가 종결되는 것은 아닙니다. 해당 기타소득은 다음 해 종합소득세 신고 시 합산됩니다. 병원 폐업 전까지 발생한 사업소득과 권리금(기타소득)이 합산되면 높은세율 구간에 진입하여 세 부담이 크게 증가할 수 있으므로, 권리금 수령 시점과 폐업 시기에 대한 사전적인 계획이 필요합니다.



2. 병원 양도 시 부가가치세 적용 여부 (포괄양수도)


원칙적으로 사업장을 양도할 때 권리금과 시설비에는 10%의 부가가치세가 발생합니다. 예를 들어 양수도가액 10억 원 규모의 병원이라면, 부가가치세만 1억 원에 달하게 됩니다.


• 해결책 : 사업의 동질성을 유지하면서 해당 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 ‘포괄양수도 계약’으로 진행하면 부가가치세가 과세되지 않습니다.


• 요건

① 사업 전체 양도

② 동일 업종 유지

③ 계약서에 '포괄적 양도양수' 명시


「부가가치세법」 제10조(재화 공급의 특례)

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.


「부가가치세법 시행령」 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도)

법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령으로 정하는 것


• 주의할점 : 포괄양수도의 경우, 양수인은 국세기본법상 제2차 납세의무를 부담할 수 있습니다. 따라서 계약 체결 전 양도인의 국세 체납 여부를 반드시 확인하는 것이 바람직합니다.


「국세기본법」 제41조(사업양수인의 제2차 납세의무)

① 사업이 양도ㆍ양수된 경우에 양도일 이전에 양도인의 납세의무가 확정된 그 사업에 관한 국세 및 강제징수비를 양도인의 재산으로 충당하여도 부족할 때에는 대통령령으로 정하는 사업의 양수인은 그 부족한 금액에 대하여 양수한 재산의 가액을 한도로 제2차 납세의무를 진다.

② 제1항에 규정된 양수한 재산의 가액은 대통령령으로 정한다.



3. 세금계산서와 비용처리


양수인이 지급한 권리금은 세무상 영업권(무형자산)으로 보아 5년간 정액법으로 상각하여 필요경비로 처리할 수 있습니다. 개원 초기 소득세 부담을 줄이는 데 상당한 절세 효과가 있기 때문에 , 계약 체결 전 반드시 담당 세무사와 한 번 더 체크하시면서 진행하시길 바랍니다 .



4. 병원 권리금 거래 시 체크사항 정리


• 권리금 지급 시 8.8% 원천징수 후 납부 (양수인 의무)

• 부가가치세 부담을 피하려면 포괄양수도 계약 활용

• 포괄양수도 시 제2차 납세의무 반드시 확인

• 양도인은 권리금이 종합소득세에 합산되므로 폐업 연도 소득 고려 필수


글 : 세무법인나은 박형렬 세무사 (010.2011.9382)


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